DNA 的粗粒化：对称性、非局域弹性与持久长度
软凝聚态物质
2025-02-03 v1
摘要
尽管双链 DNA 在介观尺度的行为已相当清楚，但人们对其在碱基对尺度上丰富力学性质的关系知之较少，而后者对于理解 DNA-蛋白质相互作用与核小体扩散机制等至关重要。在此，通过采用刚性碱基对模型，我们将其微观参数与持久长度相联系。结合全原子分子动力学模拟，我们的方案识别了各粗粒化步骤中不同自由度之间的相关耦合。这使我们能够阐明弹性模量的尺度依赖性如何以系统性方式被确定，其中涵盖了先前未被注意到的具有不同宇称的形变之间的离位耦合的作用。
引用
@article{arxiv.2206.01504,
title = {Coarse-graining DNA: Symmetry, non-local elasticity and persistence length},
author = {Yair Augusto Gutierrez Fosado and Fabio Landuzzi and Takahiro Sakaue},
journal= {arXiv preprint arXiv:2206.01504},
year = {2025}
}