DNA纳米力学：蛋白质如何使双螺旋变形
生物大分子
2009-11-13 v2
摘要
在机械工程中，根据物体的静态形状和已知弹性特性推断其受到的外力和扭矩是一项标准练习。本文将此分析应用于与蛋白质复合物中扭曲的双螺旋DNA。我们从高分辨率复合物结构中提取作用于结合DNA每个碱基对的局部平均力和扭矩。我们的方法依赖于已知的弹性势能以及对已建立的DNA刚性碱基对模型坐标的谨慎选择。结果对参数和构象不确定性具有鲁棒性。它们揭示了蛋白质与DNA之间复杂的纳米力学相互作用模式。碱基对力和扭矩与观察到的DNA构象存在非平凡且非局部的关联，为DNA-蛋白质结合提供了补充结构分析的新视角。
引用
@article{arxiv.0809.3938,
title = {DNA nano-mechanics: how proteins deform the double helix},
author = {Nils B. Becker and Ralf Everaers},
journal= {arXiv preprint arXiv:0809.3938},
year = {2009}
}
备注
accepted for publication in JCP; some minor changes in response to review 18 pages, 5 figure + supplement: 4 pages, 3 figures