基于DNA粗粒化模型的DNA纳米镊子研究
软凝聚态物质
2010-05-14 v1 生物物理
生物大分子
摘要
我们引入了一种DNA的粗粒化刚性核苷酸模型，该模型能够再现短链的基本热力学性质：双链杂交、单链堆积和发夹形成，同时也捕捉了DNA的基本结构特性：双链分子的螺旋螺距、持久长度和扭转刚度，以及未堆积单链的相对柔韧性。我们应用该模型计算了DNA“镊子”（一种由杂交和链置换驱动的简单机器）一个完整循环的详细自由能景观。
引用
@article{arxiv.0911.0555,
title = {DNA nanotweezers studied with a coarse-grained model of DNA},
author = {Thomas E. Ouldridge and Ard A. Louis and Jonathan P. K. Doye},
journal= {arXiv preprint arXiv:0911.0555},
year = {2010}
}
备注
4 pages, 5 figures