将改进的结构特性与盐依赖性引入DNA粗粒化模型
生物大分子
2015-06-26 v3 软凝聚态物质
生物物理
摘要
我们介绍了oxDNA的扩展版本，oxDNA是一个旨在捕捉单链和双链DNA的热力学、结构和机械特性的粗粒化模型。通过包含明确的主沟和次沟，并稍微修改共轴堆积和骨架-骨架相互作用，我们提高了该模型处理大型（千碱基对）结构（如DNA折纸）的能力，这些结构对这些几何特征敏感。此外，我们扩展了该模型，此前它仅参数化到一个盐浓度（[Na]=0.5M），使其可用于一系列盐浓度，包括对应于生理条件的那些。最后，我们使用新的实验数据来参数化oxDNA势，使得连续的腺嘌呤碱基与连续的胸腺嘧啶碱基以不同的强度堆积，这一特征允许更准确地处理单链区域柔性重要的系统。我们通过展示大型DNA物体结构的模拟结果，以及使用该模型研究DNA的一些盐依赖性特性，来说明更新后的模型oxDNA2所开辟的新可能性。
引用
@article{arxiv.1504.00821,
title = {Introducing Improved Structural Properties and Salt Dependence into a Coarse-Grained Model of DNA},
author = {Benedict E. K. Snodin and Ferdinando Randisi and Majid Mosayebi and Petr Sulc and John S. Schreck and Flavio Romano and Thomas E. Ouldridge and Roman Tsukanov and Eyal Nir and Ard A. Louis and Jonathan P. K. Doye},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.00821},
year = {2015}
}