使用 LAMMPS 的 DNA 粗粒化模拟

在过去十年中，出现了粗粒化核苷酸模型，使我们能够在前所未有的时间和长度尺度上研究 DNA 和 RNA。其中之一是 oxDNA，一种粗粒化、序列特异性的模型，可捕捉 DNA 的杂交转变以及单链和双链 DNA 的许多结构特性。oxDNA 此前仅作为独立软件提供，但现已实现到流行的 LAMMPS 分子动力学代码中。本文描述了这一新实现并分析了其并行性能。给出了聚焦于单链 DNA 的实际应用，该研究领域迄今未被充分探索。oxDNA 的 LAMMPS 实现显著降低了使用 oxDNA 模型的门槛，促进了未来的代码开发以及与现有 LAMMPS 功能以及其他粗粒化和全原子 DNA 模型的接口。