使用oxDNA与oxRNA模型进行DNA和RNA系统粗粒化模拟：入门教程
生物物理
2023-08-04 v1 计算物理
物理教育
摘要
我们提供了一份关于搭建oxDNA粗粒化模型以模拟DNA和RNA纳米技术的教程。该模型是理论学者与实验学者广泛使用的工具，用于模拟生物学与纳米技术场景下的核酸系统。本教程面向提出“若想使用oxDNA，我应从何处入手”的新用户。我们假定读者不具备使用该模型的先验背景。本教程展示了可让新手用户上手的基本示例，并根据读者感兴趣的方向，指引其查阅补充文献与在线资源。
引用
@article{arxiv.2308.01455,
title = {Coarse-grained simulations of DNA and RNA systems with oxDNA and oxRNA models: Introductory tutorial},
author = {Michael Matthies and Matthew Sample and Petr Šulc},
journal= {arXiv preprint arXiv:2308.01455},
year = {2023}
}
备注
submitted to Winter Simulation Conference (2023)