蛋白质介导的DNA环形结构：蛋白桥尺寸与折点效应
软凝聚态物质
2007-05-23 v2
摘要
本文聚焦于DNA部分通过热力学涨落自身闭合的概率问题。我们研究了该概率随蛋白桥大小 r 及DNA中半长度处是否存在折点的依赖情况。将DNA建模为Worm-Like Chain模型，计算环形成立概率的方法包括：受限路径积分的精确数值求解和Shimada和Yamakawa saddle点近似的推广。例如，我们发现100条DNA链的环形自由能当由r=10 nm长度的蛋白质闭合时，从24kT降至13kT；当环在半长度处存在120度折点时，进一步降至5kT。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0508288,
title = {Protein-Mediated DNA Loops: Effects of Protein Bridge Size and Kinks},
author = {Nicolas Douarche and Simona Cocco},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0508288},
year = {2007}
}
备注
corrected typos and figures, references updated; 13 pages, 7 figures, accepted for publication in Phys. Rev. E