超螺旋对蛋白质介导 DNA 环形成的影响
生物大分子
2015-06-26 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
DNA 环形成是生物调控基因的几种机制之一。成环自由能是决定相关基因开启或关闭的重要因素。本文中我们使用 DNA 弹性杆模型确定短(50--100 碱基对)、蛋白质介导 DNA 环形成的自由能。活细胞 DNA 中的超螺旋应力是决定成环能量的关键因素,我们在计算中显式考虑它。阻遏蛋白本身视为刚性耦合器;其几何通过施加于 DNA 的边界条件进入问题。我们表明,含这些要素的理论足以解释 lac 阻遏物 operator 位点间距离变化时体内基因活性调制中观察到的某些特征。我们也用理论定量预测成环对超螺旋应力的依赖,这可能在体内及如拴系颗粒实验和磁珠实验等单分子实验中可检验。
引用
@article{arxiv.q-bio/0611008,
title = {Effect of supercoiling on formation of protein mediated DNA loops},
author = {Prashant K. Purohit and Philip C. Nelson},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0611008},
year = {2015}
}
备注
Accepted for publication in Phys Rev E. Contains the forbidden appendix they refused to publish