转录调控中 DNA 成环的浓度与长度依赖性
生物大分子
2015-05-13 v1
摘要
在许多情况下，转录调控涉及转录因子结合到 DNA 上并非紧邻目标启动子的位点。这种远程作用通常通过 DNA 成环来介导：结合到 DNA 上两个或多个位点会形成环，从而将转录因子带入相关启动子的紧邻区域。尽管人们对转录控制的组合方面已有各种见解，但 DNA 成环作为原核生物和真核生物中组合控制因子的机制仍不清楚。我们利用单分子技术剖析 lac 操纵子中的 DNA 成环。具体而言，我们测量了 Lac 阻遏蛋白形成 DNA 环的倾向，将其作为阻遏蛋白浓度和阻遏蛋白结合位点之间距离的函数。与早期的单分子研究一样，我们发现了（至少）两种不同的成环状态，并证明这些状态的存在既取决于阻遏蛋白的浓度，也取决于两个阻遏蛋白结合位点之间的距离。我们发现，即使在远短于 DNA 持久长度的操作子间距下，无需其他蛋白质介入使 DNA 预弯曲，环也能形成。浓度测量还允许我们使用一个简单的 DNA 成环统计力学模型来确定 DNA 成环的自由能，或者等效地确定成环的 J 因子。
引用
@article{arxiv.0806.1860,
title = {Concentration and Length Dependence of DNA Looping in Transcriptional Regulation},
author = {Lin Han and Hernan G. Garcia and Seth Blumberg and Kevin B. Towles and John F. Beausang and Philip C. Nelson and Rob Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:0806.1860},
year = {2015}
}