DNA成环与环化的广义理论
生物大分子
2015-05-14 v1
摘要
我们开发了一种广义半解析方法，用于高效计算任意结合约束下DNA的环化和成环J因子。许多涉及DNA-蛋白质相互作用的生物系统对DNA施加了精确的边界条件，这需要超越环化Shimada-Yamakawa模型的处理。我们的模型允许将DNA视为具有序列依赖的内禀曲率和刚度的异聚物。在此框架下，我们独立计算了J因子的焓和熵贡献，并表明即使在小尺度(~ℓ_p)下熵效应也很显著。我们提出了一个简单的解析公式来描述均匀DNA平面环的数值结果，该公式可用于预测随环大小和结合几何变化的实验环化与成环速率。我们还引入了一个有效的扭转持久长度，描述了DNA成环时扭转与弯曲之间的耦合。
引用
@article{arxiv.0911.3661,
title = {A Generalized Theory of DNA Looping and Cyclization},
author = {David P. Wilson and Alexei V. Tkachenko and Jens-Christian Meiners},
journal= {arXiv preprint arXiv:0911.3661},
year = {2015}
}
备注
6 pages, 4 figures, submitted to EPL