DNA中变性与链构象的耦合：拉伸、弯曲、扭转和有限尺寸效应
软凝聚态物质
2010-06-22 v1 统计力学
摘要
我们进一步发展了一个耦合DNA中变性和链构象的统计模型（Palmeri J, Manghi M and Destainville N 2007 Phys. Rev. Lett. 99 088103）。我们的离散螺旋蠕虫状链模型明确考虑了聚合物的三个弹性自由度，即拉伸、弯曲和扭转。通过积分掉这些外部变量，构象熵对气泡成核（碱基对打开）有贡献，这揭示了DNA熔解机制。由于dsDNA和ssDNA中单体长度、弯曲和扭转模量的值显著不同，这些效应很重要。此外，我们在此背景下探索了额外环熵的作用，并分析了在实验背景下（polydA-polydT被两个G-C链夹住）以及自由聚合物中的有限尺寸效应。
引用
@article{arxiv.0809.0456,
title = {Coupling between denaturation and chain conformations in DNA: stretching, bending, torsion and finite size effects},
author = {Manoel Manghi and John Palmeri and Nicolas Destainville},
journal= {arXiv preprint arXiv:0809.0456},
year = {2010}
}
备注
25 pages, 30 figures