DNA中变性气泡的缓慢闭合：扭转至关重要
软凝聚态物质
2015-06-12 v2
摘要
利用布朗动力学模拟研究了DNA中长平衡变性气泡的闭合。采用一个最小介观模型，其中双螺旋由两条相互作用的珠-弹簧自由旋转链构成，在双链状态下具有非零扭转模量 200 至 300 kT。对于长度为 N=40 至 100 碱基对(bps)且中间有一个大初始气泡的DNA，发现闭合时间较长，为0.1至100微秒。气泡从两端开始缠绕，直至达到10 bp的亚稳态。最终闭合受三种竞争机制限制，取决于 和 N：臂扩散直至对齐、气泡沿DNA扩散直至一端、或局部克拉默斯过程(跨越扭转能垒)。对于夹持末端或长DNA，闭合通过后一种温度激活机制发生，首次与实验取得了良好的定量一致性。
引用
@article{arxiv.1302.1673,
title = {Slow closure of denaturation bubbles in DNA: twist matters},
author = {Anil Kumar Dasanna and Nicolas Destainville and John Palmeri and Manoel Manghi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.1673},
year = {2015}
}
备注
to be published in Physical Review E