DNA变性气泡的链扩散限制闭合
软凝聚态物质
2012-05-31 v1 统计力学
摘要
利用布朗动力学模拟和解析方法研究了预平衡DNA变性气泡的闭合动力学。数值模型由两条半柔性相互作用的单链(ssDNA)和依赖于碱基对状态的弯曲模量组成，其中双链DNA(dsDNA)段的刚度是单链DNA段的50倍。对于长度为N=20至100个碱基对(bp)的DNA以及初始气泡大小为N-6 bp的情况，发现了0.1至4微秒的长闭合时间，遵循N^2.4的标度律。气泡通过快速拉链过程开始闭合，当气泡达到长度约10 bp的高度弯曲亚稳态时停止。完全闭合的最终限制步骤由dsDNA“臂”的旋转扩散控制，一旦它们几乎对齐，闭合就会发生。因此，阐明了链弯曲的核心作用，而一维模型无法解释这一作用。
引用
@article{arxiv.1203.0271,
title = {Strand diffusion-limited closure of denaturation bubbles in DNA},
author = {Anil Kumar Dasanna and Nicolas Destainville and John Palmeri and Manoel Manghi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1203.0271},
year = {2012}
}
备注
6 pages, 7 figures