异聚物DNA呼吸的主方程方法
统计力学
2015-06-25 v1
摘要
在跨越初始势垒打断双链DNA中的第一个碱基对（bp）后，进一步碱基对的断裂由小于一个到几个kT之间的自由能表征。这导致间歇性单链气泡的打开。它们的解链和复链动力学可以通过单分子荧光或核磁共振方法进行监测。我们在此建立了一个描述异聚物DNA中这种DNA呼吸的动力学描述，基于一个主方程，该方程控制气泡大小和沿序列位置联合概率分布的时间演化。转移系数基于Poland-Scheraga自由能模型。我们推导了气泡动力学的自相关函数和相关的弛豫时间谱。特别地，我们展示了如何从主方程获得单个气泡寿命和连续气泡事件之间等待时间的概率密度。与随机Gillespie模拟结果的比较显示出极好的一致性。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0610547,
title = {Master equation approach to DNA-breathing in heteropolymer DNA},
author = {Tobias Ambjornsson and Suman K Banik and Michael A Lomholt and Ralf Metzler},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0610547},
year = {2015}
}
备注
12 pages, 8 figures