DNA中气泡长度的概率分布
生物大分子
2007-05-23 v2 统计力学
生物物理
摘要
本文给出了双链DNA中气泡长度的分布，针对具有不同鸟嘌呤-胞嘧啶（GC）含量的片段，使用Peyrard-Bishop-Dauxois模型在310 K下经蒙特卡洛模拟获得。对于所研究的整个区间（即直至数十纳米量级的气泡宽度），可获得该分布的解析描述。我们发现该分布的衰减长度与特征指数作为GC含量的函数呈现两个不同的 regime。观测到的分布归因于碱基对内的非谐相互作用。结果在Poland-Scheraga与Peyrard-Bishop（采用线性而非非线性堆积相互作用）模型框架内进行了讨论。
引用
@article{arxiv.q-bio/0607009,
title = {Probability distribution of bubble lengths in DNA},
author = {S. Ares and G. Kalosakas},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0607009},
year = {2007}
}
备注
5 pages, 4 figures, accepted version. The distribution obtained from the Peyrard-Bishop-Dauxois model is now fitted and discussed in the framework of the Poland-Scheraga model