DNA 中气泡长度分布对温度和 GC 含量的依赖性
生物大分子
2009-06-26 v1 统计力学
斑图形成与孤子
生物物理
摘要
我们给出了不同鸟嘌呤-胞嘧啶 (GC) 浓度的 DNA 片段中气泡长度分布对温度依赖性的数值结果。碱基对打开由 Peyrard-Bishop-Dauxois 模型描述，相应的气泡热平衡分布通过蒙特卡洛计算获得，气泡大小可达数百个碱基对。研究了气泡长度分布参数对温度和 GC 含量的依赖性。我们提供了近似描述这些关系的简单表达式。还给出了平均气泡长度的变化。我们发现气泡长度分布中出现的指数 c 具有温度依赖性。如果真实 DNA 的环熵指数存在类似的依赖性，则可能有助于理解力-伸长实验中的过度拉伸现象。
引用
@article{arxiv.0906.4683,
title = {Dependence on temperature and GC content of bubble length distributions in DNA},
author = {G. Kalosakas and S. Ares},
journal= {arXiv preprint arXiv:0906.4683},
year = {2009}
}
备注
8 pages, 6 figures. Published on The Journal of Chemical Physics