低外加盐浓度下的中间态DNA：DNA气泡减缓短DNA片段的扩散
软凝聚态物质
2011-01-06 v3
摘要
我们报告了一项关于极低外加盐浓度（<0.05 mM）下，在宽DNA浓度范围（0.0015 ≤ c ≤ 8 mM（碱基对））内DNA（150 bp片段）构象的研究。通过荧光相关光谱法和紫外吸收测量，我们在0.05 < c < 1 mM区域发现了一种中间态DNA构象。FCS检测到，在该区域，DNA的扩散系数D_p低于相似聚合度N的ssDNA无规卷曲和天然dsDNA螺旋的值。因此，该DNA群体不能简单地是dsDNA和由DNA熔解产生的ssDNA的混合物。此处，熔解是由于在已经极低盐的条件下，随着DNA浓度降低，屏蔽效应减弱所致。中间态DNA通过众所周知的波动性开口（DNA气泡）概念得到合理解释，我们假设这些气泡在序列的AT富集区域形成，而链并未分离。在气泡内，DNA局部拉伸，但由于极低盐环境，整个分子仍保持棒状。因此，与dsDNA相比，这种中间态DNA被拉长，这解释了其D_p降低的原因。
引用
@article{arxiv.1010.0731,
title = {Intermediate DNA at low added salt: DNA bubbles slow the diffusion of short DNA fragments},
author = {Tomislav Vuletic and Sanja Dolanski Babic and Ticijana Ban and Joachim Raedler and Francoise Livolant and Silvia Tomic},
journal= {arXiv preprint arXiv:1010.0731},
year = {2011}
}
备注
11 pages, 7 figures, submitted to PRE