介质无序对 DNA 熔解的影响：蒙特卡洛研究

我们使用蒙特卡洛模拟探索了在存在大气无序（模拟细胞核内的拥挤环境）情况下晶格 DNA 的熔解。无序通过随机保留概率为 $p$ 的晶格点并稀释其余部分来建模，使它们对 DNA 不可用。通过在一个从 $p=1$（零无序）到逾渗临界点 $p_c=0.3116$ 的广泛范围内改变无序，我们显示熔解温度 $(T_m)$ 在 $p\approx 0.6$ 之前几乎随无序线性增加，而对于 $p\lesssim 0.6$ 则出现强非线性。我们研究了气泡统计的相关变化，显示在 $p\leq 0.5$ 的相应熔解点处气泡大小指数发生了显著变化。基于这些发现，我们确定了两个不同的无序区域，它们对熔解表现出弱和强的影响。对于模拟，我们使用剪枝和富集 Rosenbluth 方法，并结合 Leath 算法的深度优先实现来生成底层无序。