DNA纳米隔室中熔解转变的蒙特卡罗模拟
生物物理
2009-11-11 v1
摘要
DNA纳米隔室是一种典型的基于DNA的机器，其功能依赖于分子集体效应。该器件的基本特性已通过电化学分析、荧光显微镜和原子力显微镜加以探讨。在器件切换过程中出现了有趣且新颖的现象。我们发现，与块体溶液或传统DNA阵列中的DNA相比，该体系中的DNA表现出陡峭得多的熔解转变。为理解这一差异，我们在传统的类Ising的Zimm-Bragg理论与DNA熔解的Peyrard-Bishop模型中引入了DNA-DNA相互作用势。为避免因在Peyrard-Bishop非线性哈密顿量中加入DNA-DNA相互作用而导致的非现实数值计算，我们通过阐明熔解转变过程中能量变化的五个分量，建立了粗粒化的蒙特卡罗递推关系。结果表明，DNA-DNA相互作用势解释了所观察到的陡峭转变。
引用
@article{arxiv.physics/0510004,
title = {Monte Carlo simulation of melting transition on DNA nanocompartment},
author = {Song Chang and Youdong Mao and Zhengwei Xie and Chunxiong Luo and Qi Ouyang},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0510004},
year = {2009}
}
备注
12 pages, 5 figures