DNA 熔解转变的动力学路径
生物物理
2013-03-29 v2 软凝聚态物质
统计力学
生物大分子
摘要
我们利用 DNA 的 Poland-Scheraga (PS) 和 Peyrard-Dauxois-Bishop (PDB) 模型的变程版本研究了 DNA 熔解转变的动力学路径。在 PS 模型中,我们构建了 场论来计算临界液滴轮廓、初始生长模式以及表征自旋节点附近磁化率发散的特征指数。在 PDB 模型中,我们使用平均场分析来计算磁化率指数。我们将这些理论结果分别与 PS 和 PDB 模型上的 Monte Carlo 和 Brownian 动力学模拟进行了比较。我们发现,通过增加相互作用范围,系统可以被带至接近伪自旋节点,并且在该区域,成核液滴是弥散的,这与经典成核理论预测的致密液滴形成对比。
引用
@article{arxiv.1210.2749,
title = {Kinetic Pathways of the DNA Melting Transition},
author = {Aaron Santos and William Klein},
journal= {arXiv preprint arXiv:1210.2749},
year = {2013}
}
备注
18 pages, 17 figures