非均匀 DNA 熔解的统计物理学
生物物理
2008-03-07 v1
摘要
我们研究了序列的非均匀性如何影响 DNA 熔解时发生的相变。与以往对多种不同非均匀序列的热力学量进行平均的工作不同，我们聚焦于特定序列，研究了导致其解离的局部开合序列。为此，我们利用两种不同的动力学模型进行了转移积分型计算，即非均匀 Dauxois-Peyrard-Bishop 模型和我们最近提出的基于有限堆叠焓的模型。结果表明，对于这两种模型，非均匀性的主要效应是使被测序列的不同部分在略有不同的温度下开合。除了这一宏观效应外，每个部分的局部开合程度确实与相同长度的均匀序列非常相似。因此，每个局部开合跃迁的圆化仅仅是一种尺寸效应。对于 Dauxois-Peyrard-Bishop 模型，含有数千碱基对的序列仍远未达到热力学极限，因此对该模型而言，讨论与每个局部开合相关的跃迁阶数是不恰当的。相比之下，对于我们提出的模型，含有数百至数千碱基对的序列已相当接近热力学极限。因此，幂律成立的温度区间足够宽，足以估算临界指数。基于我们研究的少数例子，似乎对于我们的模型，无序并不必然导致跃迁阶数的降低。
引用
@article{arxiv.0801.2837,
title = {Statistical physics of the melting of inhomogeneous DNA},
author = {Sahin Buyukdagli and Marc Joyeux},
journal= {arXiv preprint arXiv:0801.2837},
year = {2008}
}