一种用于非均匀 DNA 解链的非均匀螺旋转移矩阵模型
生物大分子
2007-05-23 v3 定量方法
摘要
一个具有连续自由度的非均匀螺旋最近邻模型被证明能够预测与传统长程 Ising 模型相同的 DNA 解链特性，适用于溶液中的自由 DNA 分子，以及具有固定连锁数约束的超螺旋应力 DNA。在不损失精度的情况下，可以使用最少数量的离散化点将连续自由度离散化，从而产生一个维度适中（d=36）的有效转移矩阵模型。所得到的计算 DNA 解链曲线的算法既简单又高效。
引用
@article{arxiv.q-bio/0507036,
title = {A helicoidal transfer matrix model for inhomogeneous DNA melting},
author = {Tom Michoel and Yves Van de Peer},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0507036},
year = {2007}
}
备注
v3: Matlab toolbox included with source file; article unchanged, 12 pages, 11 figures, RevTeX