DNA 解熔：内侧碱基对动力学与 Peyrard-Bishop-Dauxois 模型的矢量广义
生物物理
2026-04-28 v1 软凝聚态物质
摘要
Peyrard-Bishop-Dauxois（PBD）DNA 变性模型虽在描述熔解轮廓方面成功，但无法预测熔解熵、解开力和动力学特性（例如发夹动力学）。本文提出了一套原子级“玩具模型”，用于描述碱基对内运动，表明热力学可能更适合用平面向量——而非标量——来描述作为序参量。这一假设能够获得正确的熔解熵、解开力、发夹开启速率以及在仿射质子交换期间开/闭碱基对状态的平衡常数。
引用
@article{arxiv.2604.23771,
title = {DNA melting: intra base-pair dynamics and a vector generalization of the Peyrard-Bishop-Dauxois model},
author = {Nikos Theodorakopoulos},
journal= {arXiv preprint arXiv:2604.23771},
year = {2026}
}
备注
8 pages, 4 figures, to be published in Phys. Rev. E