由于弯曲不对称性导致的DNA双螺旋极端可弯曲性
软凝聚态物质
2015-09-30 v2 统计力学
生物物理
摘要
短长度尺度下DNA环化(J因子)的实验数据，作为研究紧密弯曲DNA弹性行为的一种方法，超出了基于蠕虫状链(WLC)模型的理论预期几个数量级。在此，我们提出双螺旋在沟槽方向上的不对称弯曲刚度可能是短长度尺度下DNA极端可弯曲性的原因，并且它也促进了这些长度下DNA环的形成。为考虑弯曲不对称性，我们考虑了非对称弹性杆(AER)模型，该模型在早先的研究中已被引入并参数化(B. Eslami-Mossallam and M. Ejtehadi, Phys. Rev. E 80, 011919 (2009))。利用在碱基对(bp)水平的DNA分子的粗粒化表示，并结合伞形采样技术的蒙特卡洛模拟方法，我们计算了AER模型中DNA的环形成概率。我们表明，DNA分子的J因子比WLC模型更大，这与最近的实验数据极为吻合。
引用
@article{arxiv.1505.03138,
title = {Extreme bendability of DNA double helix due to bending asymmetry},
author = {Hossein Salari and B. Eslami-Mossallam and M. S. Naderi and M. R. Ejtehadi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.03138},
year = {2015}
}
备注
8 pages, 9 figures