蠕虫状链理论与短DNA弯曲
生物大分子
2009-11-13 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
将全原子分子动力学模拟中获得的双螺旋DNA弯曲角概率分布与理论预测进行了比较。计算出的分布与一个螺旋匝及更长的双螺旋的蠕虫状链理论惊人地一致,并在定性上不同于半弹性链模型的预测。计算数据在短DNA的表观柔性上仅表现出微小异常,无法解释最近报道的AFM数据(Wiggins等,Nature nanotechnology 1, 137 (2006))。目前的原子级DNA模型可能遗漏了中等长度尺度上DNA弯曲的某些关键机制。然而,对弯曲DNA结构的分析表明,在检测到实验异常的中等长度尺度上,弯曲运动在结构上是异质的,在方向上是各向异性的。这些效应对于解释实验数据至关重要,也可能正是造成表观差异的原因。
引用
@article{arxiv.0704.3948,
title = {The Worm-Like Chain Theory And Bending Of Short DNA},
author = {Alexey K. Mazur},
journal= {arXiv preprint arXiv:0704.3948},
year = {2009}
}
备注
4 pages, 3 figures, to appear in PRL