双螺旋DNA本征弯曲的物理起源
生物物理
2007-05-23 v1 化学物理
生物大分子
摘要
由规律重复的腺嘌呤片段（A-片段）在双螺旋B-DNA中诱导的宏观弯曲是一个早已知道但仍未解释的现象。该效应在DNA研究中起关键作用，因为它在已有实验信息的数量与多样性上独一无二，因而可能作为通向基因组序列识别与调控未知一般机制的门户。我们报道了含三个与螺旋螺距相位匹配的A-片段的25-mer B-DNA片段的分子动力学模拟结果。它代表了首个静态弯曲正确定向自发出现的模型系统，其条件排除了除碱基对序列外的任何初始偏置。该效应在10–20 ns的三条独立MD轨迹中重现，且具有重要定性细节，表明最终弯曲态是构象空间广域中轨迹的强吸引子。然而，弯曲构象集合显示出显著的微观异质性，与所有现有弯曲理论模型矛盾。对这些意外观测的分析引出了关于双螺旋DNA本征弯曲可能机制的一个新的、显著不同的假设。
引用
@article{arxiv.physics/0004040,
title = {The Physical Origin of Intrinsic Bends in Double Helical DNA},
author = {Alexey K. Mazur},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0004040},
year = {2007}
}
备注
17 two-column pages, 12 integrated eps plates, RevTeX/LaTeX