锥虫动基体DNA弯曲位点中序列导向曲率的分子动力学研究

由规则重复的腺嘌呤片段(A-tracts)在双螺旋B-DNA中诱导的宏观曲率在DNA结构研究中起着特殊作用，因为该效应提供了记录最完备的序列特异性构象调制的例子。最近，基于含三个与螺旋螺距相位匹配的A-tracts的25聚体片段的分子动力学模拟结果，提出了关于其物理起源的新假说。然而，其序列从未在实验研究中出现过，而是凭经验构建以在特定计算条件下最大化弯曲幅度。本文报道了对另一个25聚体B-DNA片段的类似研究结果，该片段具有在微型环状DNA弯曲位点中发现的天然碱基对序列。结果表明，在排除任何初始偏置（除碱基对序列外）的条件下，朝向A-tracts小沟的相当幅度且稳定方向的静态曲率自发出现。这两个DNA片段弯曲动力学的比较揭示了定性的相似性与有趣的差异。结果表明，模拟中获得的A-tract诱导弯曲再现了自然现象，并验证了关于其可能机制的较早结论。