狭缝约束下线性和环状模型DNA链的数值研究：度规与拓扑性质
生物物理
2012-04-11 v1 软凝聚态物质
生物大分子
摘要
我们使用高级蒙特卡洛模拟研究纳米狭缝约束对模型DNA链的度规和拓扑性质的影响。考虑了线性和环化链，轮廓长度在1.2–4.8 μm范围，狭缝宽度连续覆盖50–1250 nm。de Gennes blob模型预测的度规标度对线性和环化DNA均成立，直至最强约束。更值得注意的是，环化DNA分子的拓扑性质与三维约束相比有两个主要差异：首先，整体打结概率随约束增强呈非单调变化，通过改变狭缝宽度可大幅增强或抑制；其次，结群体由比三维约束简单得多的结组成。结果表明纳米狭缝可用于纳米流体装置中产生具有简单拓扑（包括unknot）的DNA环，或按结类型分离异质DNA环集合。
引用
@article{arxiv.1204.1983,
title = {Numerical study of linear and circular model DNA chains confined in a slit: metric and topological properties},
author = {C. Micheletti and E. Orlandini},
journal= {arXiv preprint arXiv:1204.1983},
year = {2012}
}
备注
12 pages, 10 figures