DNA 过拉伸的粗粒化模拟
生物大分子
2013-06-25 v2 软凝聚态物质
生物物理
摘要
我们使用最近开发的一种粗粒化模型来模拟双链 DNA 的过拉伸现象。在该模型中，23°C 下的过拉伸发生在 74 pN，比同等盐浓度条件下的实验值高出约 6-7 pN。此外，该模型很好地复现了过拉伸力的温度依赖性。过拉伸机制始终是由自由端解链引起的力致熔解。尽管在某些条件下有明确的实验证据表明存在 S-DNA（过拉伸双链 DNA）模式，但我们从未观察到 S-DNA，这表明 S-DNA 并非仅仅是未堆叠但保留氢键的双链结构，而可能具有更奇特的结构。
引用
@article{arxiv.1209.5892,
title = {Coarse-grained simulations of DNA overstretching},
author = {Flavio Romano and Debayan Chakraborty and Jonathan P. K. Doye and Thomas E. Ouldridge and Ard. A. Louis},
journal= {arXiv preprint arXiv:1209.5892},
year = {2013}
}
备注
11 pages, 11 figures