生化反应系统持久性、永久性与内切性的计算方法

我们引入了一个混合整数线性规划（MILP）框架，能够判断化学反应网络是否具有内切性或强内切性。已知在一般动力学假设下，强内切性这一网络性质会导致化学物种的持久性和永久性，而对于一般内切网络，相同的结果虽被猜想但尚未证明。我们提出的算法是首个能够验证包含超过两种组成物种的系统的化学反应网络内切性的算法。我们在开源在线软件包CoNtRol中实现了这些算法，并将其应用于几个经过充分研究的生化实例，包括一般的$n$位点磷酸化/去磷酸化网络和一个昼夜节律时钟机制。