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计算具有最小缺陷的弱可逆线性共轭化学反应网络

动力系统 2014-07-15 v1 经典分析与常微分方程 分子网络

摘要

质量作用动力学常用于系统生物学中对相互作用的化学物种的行为进行建模。已知对于弱可逆且缺陷低的此类系统,许多重要的动力学性质成立。特别是,零缺陷定理和单缺陷定理保证了正平衡态的数量和稳定性方面的强正则性。同样已知的是,具有不同反应结构的化学反应网络可以表现出相同的定性动力学。线性共轭理论概括了这种关系由线性变换捕捉的情形。在本文中,我们提出了一种混合整数线性规划算法,能够确定与给定反应网络线性共轭的、具有最小缺陷的弱可逆反应网络。

关键词

引用

@article{arxiv.1203.5140,
  title  = {Computing Weakly Reversible Linearly Conjugate Chemical Reaction Networks with Minimal Deficiency},
  author = {Matthew D. Johnston and David Siegel and Gábor Szederkényi},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1203.5140},
  year   = {2014}
}

备注

26 pages, 3 figures