使用基本通量模式计算弱可逆零缺陷网络翻译
最优化与控制
2018-08-29 v1
摘要
我们提出了一种计算方法用于执行结构翻译，该方法近来在分析与生化反应网络导出的质量作用系统的稳态和动力学行为背景下被研究。我们的过程涉及求解一个二元线性规划问题，其中决策变量对应于原始网络反应之间的相互作用。我们将所得网络称为反应-反应图，并形式化此类构造如何与原始反应网络及结构翻译相关联。我们通过在欧洲生物信息研究所的BioModels数据库中的508个网络上运行该算法，展示了算法的有效性和效率。我们还总结了此工作如何被纳入近来提出的用于确立生化反应系统中单稳态和多稳态的算法中。
引用
@article{arxiv.1808.09059,
title = {Computing Weakly Reversible Deficiency Zero Network Translations Using Elementary Flux Modes},
author = {Matthew D. Johnston and Evan Burton},
journal= {arXiv preprint arXiv:1808.09059},
year = {2018}
}