染色质结构诱导的两体相互作用对核小体有序化的统计力学

核小体（由连接DNA片段分隔的DNA结合组蛋白八聚体）的一维阵列折叠成高阶染色质结构，最终构成真核生物染色体。染色质结构的形成导致连接子长度出现10-11碱基对(bp)的离散化，这是因为如果核小体的旋转设置（由DNA螺旋扭转定义）得以保持，将其包装成规则染色质纤维的自由能成本更低。我们使用具有有效两体相互作用的有限尺寸粒子的热力学模型，在任意外势作用下，描述了沿纤维的核小体位置。我们从现成的大规模核小体位置图谱中推断出单体和两体能量。我们证明，两体力在建立众所周知的10-11 bp全基因组核小体占据周期性中起主导作用。它们还解释了在体外和体内高通量实验中观察到的转录区域上的核小体有序化。