基因组DNA上核小体定位的一维统计力学模型
生物物理
2016-03-23 v2 软凝聚态物质
统计力学
摘要
真核生物DNA折叠的第一层级是所谓的‘10 nm染色质纤维’，DNA缠绕在组蛋白（约10 nm大小）周围形成核小体，进而形成锯齿状的串珠结构。在本工作中，我们提出了一个一维统计力学模型来研究一个此类10 nm纤维内的核小体定位。我们关注基因组羊DNA的情况，从无限稀释下有效的势能出发，该势能由高分辨率体外盐透析实验确定。我们研究多核小体链内的定位，并将基因组DNA的结果与最简单的均匀DNA情况进行比较，后者可以映射为Tonks气体。首先，我们考虑核小体被假设为点状的简单、可解析求解的情况。然后，我们进行数值模拟以衡量其有限尺寸对核小体分布概率的影响。最后，我们比较两种情况（均匀DNA和羊DNA）的核小体分布和模拟的核酸酶消化模式，从而为体外重组的多核小体染色质纤维实验中序列对实验可观测量的影响提供可检验的预测。
引用
@article{arxiv.1510.07257,
title = {A 1-dimensional statistical mechanics model for nucleosome positioning on genomic DNA},
author = {S. Tesoro and I. Ali and A. N. Morozov and N. Sulaiman and D. Marenduzzo},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.07257},
year = {2016}
}