核小体与游离DNA的分子动力学模拟
生物大分子
2007-05-23 v1
摘要
核小体组织DNA折叠成染色质，并显著影响转录、复制、调控与修复。我们对一个核小体及其游离于溶液中的146个碱基对DNA进行了全原子分子动力学模拟。从每条轨迹提取DNA螺旋参数，以比较核小体DNA与游离DNA的构象、有效力常数、持久长度度量及涨落。提出了一种利用傅里叶分析拆解与重建核小体构象与动力学的方法。结果表明，核小体中DNA的超螺旋路径是不规则的。除与螺旋重复相关的变化外，还识别出核小体DNA构象中的长程变化。这些变化是产生所提出的四聚体构象或定性重建核小体超螺旋1.75圈所必需的。游离DNA在溶液中达到足够的弯曲与剪切以形成理想核小体超螺旋，但这些形变未组织起来，故构象基本为线性。利用选取的构象长波变化重建游离DNA可产生左手或右手超螺旋。DNA在核小体中比在溶液中柔性更差，但此类度量是长度尺度依赖的。
引用
@article{arxiv.q-bio/0410016,
title = {Molecular Dynamics Simulations of a Nucleosome and Free DNA},
author = {Thomas C. Bishop},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0410016},
year = {2007}
}