核小体滑动可影响组蛋白修饰的扩散
生物物理
2022-08-31 v1
摘要
核小体是染色质的基本组成单元，不仅有助于染色质的折叠，还承载表观遗传信息。已知核小体滑动负责染色质结构的动态组织并由此实现基因调控。由于滑动可使两个相邻核小体在物理上靠近或远离，它是否能在组蛋白修饰的扩散中发挥作用？我们通过模拟一个将核小体动力学与组蛋白修饰动力学耦合的随机模型来研究这一问题。我们表明，核小体的滑动可影响修饰模式以及修饰给定染色质区域所需的时间。通过探索不同的核小体密度和修饰动力学参数，我们表明核小体滑动对于创建组蛋白修饰结构域可能十分重要。我们的模型预测，核小体密度与滑动动力学的耦合可在调控区域周围产生不对称的组蛋白修饰分布。我们还计算了修饰核小体的概率分布及修饰的弛豫动力学。我们的预测与已知的实验结果具有可比性。
引用
@article{arxiv.2110.05905,
title = {Nucleosome sliding can influence the spreading of histone modifications},
author = {Shantanu Kadam and Tripti Bameta and Ranjith Padinhateeri},
journal= {arXiv preprint arXiv:2110.05905},
year = {2022}
}
备注
7 figures