细菌拟核在大尺度上的物理描述及其生物学意义
生物物理
2015-06-04 v3 软凝聚态物质
基因组学
摘要
最近的实验和理论方法试图量化细菌染色体及其互补蛋白（即拟核）的物理组织（压缩和几何形状）。基因组 DNA 存在于一种复杂且动态的富蛋白状态中，并在各种长度尺度上高度有序。这对调节（若非 enabling）复制、转录和分离等核心生物过程具有深远影响。本文概述了该领域的进展，这些进展在过去几年中由新的科学思想和新的跨学科实验技术所驱动，范围从具有高空间和时间分辨率的显微镜技术，到利用测序来绘制拟核相关相互作用组不同方面的高通量基因组学。本综述旨在从物理学视角连贯地呈现广泛的实验和理论发现。我们还讨论了一些试图统一不同结果的解释尝试，强调了统计物理和软凝聚态物理，特别是来自聚合物理论的经典及现代工具，在描述这一具有根本生物学重要性的系统中所发挥的作用，并指出了未来研究的可能方向。
引用
@article{arxiv.1204.3518,
title = {Physical descriptions of the bacterial nucleoid at large scales, and their biological implications},
author = {Vincenzo G. Benza and Bruno Bassetti and Kevin D. Dorfman and Vittore F. Scolari and Krystyna Bromek and Pietro Cicuta and Marco Cosentino Lagomarsino},
journal= {arXiv preprint arXiv:1204.3518},
year = {2015}
}
备注
30 pages, accepted for publication in Reports on Progress in Physics