基于谱方法的非平衡等位基因频谱
种群与进化
2011-02-28 v2 偏微分方程分析
数值分析
摘要
群体基因组学数据分析的一个主要挑战在于，将自然选择的特征从由随机漂变和基因流引起的背景噪声中分离出来。分析来自许多相关群体的大量数据需要高性能算法，以确定可能塑造了所观测到的中性单核苷酸多态性（SNP）等位基因频谱的不同人口统计学场景的似然性。在应用数学的许多领域，傅里叶变换和谱方法是分析信号频谱并将其动力学建模为某些偏微分方程（PDE）解的成熟工具。当谱方法适用时，它们具有优异的误差特性，并且在高维情况下速度最快。在本文中，我们提出了一种使用谱方法的显式数值解，用于求解具有 K 个群体迁移、突变流入和多次群体分裂事件的 Wright-Fisher 过程的前向 Kolmogorov 方程。
引用
@article{arxiv.1011.0025,
title = {Non-equilibrium allele frequency spectra via spectral methods},
author = {Sergio Lukic and Jody Hey and Kevin Chen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1011.0025},
year = {2011}
}
备注
34 pages, 8 figures, amsart