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在允许单项式参数化的系统的总浓度空间中的多重定态性

分子网络 2019-08-14 v3 代数几何 动力系统

摘要

我们将实代数几何的工具应用于化学反应网络的多重定态问题。特别关注稳态允许单项式参数化的反应网络情形。对于此类系统,我们证明在总浓度空间中多重定态具有尺度不变性:若对某一总浓度值存在多重定态,则包含该值的整条射线上(可能对应不同速率常数)均存在多重定态——反之亦然。此外,对于这些网络,可通过仅涉及浓度变量的半代数条件,独立于速率常数来判断多重定态。这些条件可轻易扩展以包含总浓度。因此量词消去可能给出总浓度空间中多重定态区域的新见解。为说明这一点,我们展示对于蛋白质在两个结合位点的分配式磷酸化,仅当底物总浓度大于激酶总浓度或磷酸酶总浓度之一时,才可能出现多重定态。这一结果得益于来自多面体几何的总浓度空间的腔室分解。结合 Bihan 等人的相应充分性结果,这给出了直至低维区域的多重定态刻画。

关键词

引用

@article{arxiv.1810.08152,
  title  = {Multistationarity in the space of total concentrations for systems that admit a monomial parametrization},
  author = {Carsten Conradi and Alexandru Iosif and Thomas Kahle},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1810.08152},
  year   = {2019}
}

备注

35 pages, 3 figures; V2: revision after referee comments, V3: final version as in Bull. Math. Bio