CSAW 模型中 α-螺旋形成的动力学

我们研究了聚丙氨酸（Ala$_{20}$）的折叠动力学，这是一种具有20个残基、其天然态为单一α螺旋的蛋白质片段。我们使用了CSAW模型（条件自避行步），该模型将蛋白质分子视为处于布朗运动中的链，其相互作用包括疏水力和内部氢键。我们发现大尺度结构在小尺度结构之前形成，并获得了相关的弛豫时间。我们发现螺旋成核发生在蛋白质链上的两个独立位置。小尺度和大尺度结构的演化涉及不同的机制。前者可以通过控制螺旋含量增长的速率方程来描述，而后者则类似于弹性固体的弛豫。