蛋白质折叠中的事件层级：超越Go模型
生物大分子
2007-05-23 v1
摘要
简化的Go模型（仅原生接触发生有利相互作用）已被证明可用于刻画小蛋白质折叠的某些方面。这些模型的成功受限于所有残基以相同方式相互作用，因此蛋白质的折叠特征仅由其原生构象的几何决定。我们提出一个基于C-alpha的Go模型的扩展版本，其中不同残基以不同能量相互作用。该模型用于计算三种小蛋白质（Protein G、SrcSH3和CI2）的热力学及突变对野生型序列的影响。模型允许研究蛋白质折叠中最具争议的领域如最早阶段，该主题近来备受关注。对所研究三种蛋白质呈现的画面是一个层级过程：局部基本结构（LES）（不一定与二级结构元件重合）在折叠早期形成，并通过LES对接产生的过渡态和后临界折叠核（FN）驱动蛋白质到达原生构象。
引用
@article{arxiv.q-bio/0601044,
title = {Hierarchy of events in protein folding: beyond the Go model},
author = {Ludovico Sutto and Guido Tiana and Ricardo A. Broglia},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0601044},
year = {2007}
}