Go类蛋白折叠事件的排序
统计力学
2009-10-31 v1 软凝聚态物质
生物大分子
摘要
我们研究了三个小型球状蛋白的折叠机制：垂柱(CRN)、抑制酶2(CI2)和fyn Src Homology 3域(SH3)，它们由带有Lenard-Jones相互作用的Go类哈密顿量建模。结果表明，折叠主要由特定接触建立的顺序所主导，折叠事件的顺序主要取决于本原态的几何形状。温度、耦合强度和粘度的变化对折叠情景的影响相对较小。折叠排序与接触氨基酸在序列中的距离强烈相关。因此，α-螺旋首先被建立。垂柱被发现像单路径折叠器一样行为，而在CI2和SH3中，折叠轨迹更为多样化。CI2和SH3的折叠情景与其过渡态的实验研究相一致。
关键词
引用
@article{arxiv.cond-mat/0008201,
title = {Sequencing of folding events in Go-like proteins},
author = {Trinh Xuan Hoang and Marek Cieplak},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0008201},
year = {2009}
}
备注
REVTeX, 12 pages, 11 EPS figures, J. Chem. Phys (in press)