类蛋白质异聚合物的折叠动力学

我们使用简单的三维格子共聚物模型和蒙特卡罗动力学，研究类似蛋白质的异聚合物的坍缩和折叠。这些聚合物长度为 27 个单体，由两种单体类型组成。虽然这些链对于穷举所有构象太长，但可以枚举所有 maximally 紧凑构象，这些构象是 3x3x3 的立方体。这使我们能够选择具有唯一全局最小值的序列。随后我们探索坍缩和折叠的动力学，检验哪些特征决定了各种速率。折叠时间在较宽的温度范围内保持一个平台，并在高温和低温处发散。折叠时间取决于序列，与本州态中的能量失衡有关。链的坍缩时间与序列无关，远快于折叠时间几个数量级，这表明存在两相折叠过程。在某些温度以下，链表现出类玻璃行为， characterized by 时间尺度的减缓和自平均性的丧失。我们显式定义玻璃临界温度 (Tg)，并通过将其与折叠温度 (Tf) 进行比较，我们发现两类序列：良好折叠者 Tf > Tg 和非折叠者 Tf < Tg。