脱离格局蛋白折叠模型研究：序列依赖性与有限温度下的改进抽样
chem-ph
2009-10-28 v2 化学物理
摘要
我们研究了一种简单脱离格局的蛋白折叠模型的热力学行为。该模型为二维模型，包含两种不同的“氨基酸”。通过对包含8或10个单体的所有链进行数值模拟，我们在固定温度下检查了序列依赖性。结果表明，该温度下仅有少数链存在唯一折叠状态，并比较了不同类型行为链的能级谱。此外，我们将该模型用作两种改进蒙特卡洛算法的测试平台。这两种算法均基于使模型的某个参数成为动态变量；一种算法使用温度波动，另一种算法使用单体序列波动。我们发现，这些算法相对于常规方法可显著提升效率。
引用
@article{arxiv.chem-ph/9505003,
title = {Studies of an Off-Lattice Model for Protein Folding: Sequence Dependence and Improved Sampling at Finite Temperature},
author = {Anders Irbäck and Frank Potthast},
journal= {arXiv preprint arXiv:chem-ph/9505003},
year = {2009}
}
备注
17 pages, 9 Postscript figures. Combined with chem-ph/9505004