晶格模型中蛋白质折叠的蒙特卡洛方法：构象刚性
软凝聚态物质
2007-05-23 v3 统计力学
q-bio
摘要
我们引入了一种用于晶格模型蛋白质折叠模拟的严格蒙特卡洛方法。我们表明，为了满足细致平衡条件，必须引入一个可视为构象刚性的参数。我们讨论了该参数的性质，并阐明了它在折叠过程中的作用。该方法应用于二维晶格上的小链。在所提出的方法中，我们实现了一种Bortz-Kalos-Lebowitz类型的算法，该算法允许在极低温度下研究链的动力学。我们表明，阿伦尼乌斯定律的系数与系统主要势垒的值吻合良好。
关键词
引用
@article{arxiv.cond-mat/9907191,
title = {Monte Carlo procedure for protein folding in lattice model. Conformational rigidity},
author = {Olivier Collet},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9907191},
year = {2007}
}
备注
4 pages, 4 figures