计算蛋白质结合亲和力的方法
统计力学
2007-05-23 v3 生物物理
化学物理
定量方法
摘要
给出一种蒙特卡罗方法，用于计算配体与蛋白质的结合亲和力。该方法通过离散变量（指示配体是否与蛋白质结合）扩展配置空间，并引入一种特殊的蒙特卡罗运动，使能够在未结合态和结合态之间进行转换。只要给定准确的蛋白质结构、已知蛋白质-配体结合位点，并使用准确的化学力场和连续溶剂模型，该方法可提供结合自由能的定量估计。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0401348,
title = {Method for Computing Protein Binding Affinity},
author = {Charles F. F. Karney and Jason E. Ferrara and Stephan Brunner},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0401348},
year = {2007}
}
备注
RevTex, 10 pages with 5 figures. Explanatory figure added