通过非平衡解离模拟获得绝对 FKBP 结合亲和力
生物物理
2008-11-24 v3 计算物理
摘要
我们利用非平衡解离模拟计算了两种配体与 FKBP 蛋白结合的绝对结合亲和力。该方法简单直接，几乎无需对许多现代分子模拟软件包进行修改。该方法利用物理路径，消除了对复杂炼金术解耦方案的需求。本研究结果令人鼓舞。对于此处研究的配体，结合亲和力的估计值与目标值的偏差通常小于 4.0 kJ/mol；而目标值与实验值的偏差小于 1.0 kJ/mol。这些结果表明，非平衡模拟可提供一种简单且稳健的方法来估算蛋白质 - 配体结合亲和力。
引用
@article{arxiv.0710.5132,
title = {Absolute FKBP binding affinities obtained via non-equilibrium unbinding simulations},
author = {F. Marty Ytreberg},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.5132},
year = {2008}
}
评论
9 pages, 3 figures (no necessary color). Changes made to methodology and results between revisions