蛋白质-配体解绑定的耗散修正靶向分子动力学模拟的路径分离
软凝聚态物质
2023-03-27 v3 统计力学
计算物理
数据分析、统计与概率
生物大分子
摘要
蛋白质-配体(解)结合模拟是偏置分子动力学模拟近来的研究焦点。此类结合与解结合可通过结合位点内外不同路径发生。我们在此提出一个理论框架,用于计算沿分离路径的动力学并将路径特异性速率组合为全局结合与解结合速率,以与实验比较。利用耗散修正靶向分子动力学结合温度增强的 Langevin 方程模拟[Nat. Commun. \textbf{11}, 2918 (2020)],以二维模型和胰蛋白酶-苄胺复合物为测试体系,我们评估了该方法的稳健性,并讨论其预测复杂生物分子系统多秒级动力学的实际适用性方面。
引用
@article{arxiv.2212.07154,
title = {Path separation of dissipation-corrected targeted molecular dynamics simulations of protein-ligand unbinding},
author = {Steffen Wolf and Matthias Post and Gerhard Stock},
journal= {arXiv preprint arXiv:2212.07154},
year = {2023}
}
备注
This preprint is the unedited version of a manuscript that has been published in J. Chen. Phys. and can be downloaded for private use only. Copyright with AIP and and the authors