maze：沿瞬态蛋白质通道的异质配体解离
生物物理
2019-12-17 v2 统计力学
化学物理
计算物理
摘要
增强采样方法的最新进展表明，有可能以实验无法达到的空间与时间分辨率重建配体解离路径。理想情况下，此类技术应提供可能对许多反应路径的原子级定义，因为粗略的估计可能导致高估能垒，或无法采样未被反应路径估计捕获的隐藏能垒。在此我们提供一种新方法 [J. Rydzewski & O. Valsson, J. Chem. Phys. {\bf 150}, 221101 (2019)] 的实现，该方法完全致力于采样配体-蛋白质解离过程的反应路径。该程序称为 \texttt{maze}，作为 PLUMED 2（一个用于分子系统增强采样的开源库）的官方模块实现，并包含用于在原子模拟中寻找配体从蛋白质解离的多个异质反应路径的算法。\texttt{maze} 模块仅需一个晶体结构即可启动模拟，且不依赖于许多 \textit{ad hoc} 参数。该程序基于增强采样与非凸优化方法。为展示其适用性与灵活性，我们提供了在模型配体-蛋白质系统中由 \texttt{maze} 重建的沿瞬态蛋白质通道的若干配体解离路径示例，并讨论实现的细节。
引用
@article{arxiv.1904.03929,
title = {maze: Heterogeneous Ligand Unbinding along Transient Protein Tunnels},
author = {Jakub Rydzewski},
journal= {arXiv preprint arXiv:1904.03929},
year = {2019}
}