基于体积的元动力学穷举搜索配体结合路径
化学物理
2019-04-25 v1 生物物理
摘要
确定配体结合/解离路径的完整集合对于药物发现以及合理诠释突变数据十分重要。在此我们开发了一种基于 metadynamics 的技术以解决此问题，并允许在存在多条逃逸路径的情况下估算亲和力。我们的方法在结合苯分子的溶菌酶 T4 变体上展示。计算得到的结合自由能与实验数据一致。值得注意的是，我们不仅找到了所有先前已识别的配体结合路径，还发现了 3 条新路径。这些结果以较小的计算代价获得，使得该方法对于诸如小型化合物库筛选等实际应用颇具价值。
引用
@article{arxiv.1904.10726,
title = {Exhaustive Search of Ligand Binding Pathways via Volume-based Metadynamics},
author = {Riccardo Capelli and Paolo Carloni and Michele Parrinello},
journal= {arXiv preprint arXiv:1904.10726},
year = {2019}
}